que vas a respaldar? Los archivos y una backup de la BD?
Ten en cuenta que tu tienes un VPS por lo que leo, pero eso es un hosting y no podrás enviar archivos mediante sftp ni usar mysqldump para pasar las BD de un server a otro así por que si.
A no ser que tu BD sea exageradamente grande para eso ni me molestaria, una ver por semana o incluso 2 semanas haria un backup de los archivos ya que no sufren modificacion alguna a no ser que permitas la subida de avatares y demas.
y la BD con que realices un backup cada dos o 3 dias en tu pc iras sobrado por que por lo general no deberias tenerp roblema alguno en ti web y con un backup asi tendrias de sobra para restaurar en caso de hack o que te carges algo.



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