Cuando dices que vaciaste las tablas te refieres a que las borraste todas? o solo vaciaste su contenido?
Suponiendo que las borraste todas, el error con seguiridad es de la pc. El problema podría ser falta de espacio en el disco donde tienes el directorio temp o mysql no tiene permisos para escribir ahí, aunque en windows casi nunca se dan problemas de escritura a carpetas.
A mi me paso eso con xampp y simplemente lo desinstale y reinstale, pero yo no tenia datos en mysql ni nada en localhost, antes de hacerlo hice una busqueda en google y encontre varias razones por las que pueden pasar ese error, ellos son los que aparecen en este tema:
Error Code : 1028 Sort aborted after move databases to another disk - SitePoint Forums
Si aun tienes las tablas seria bueno que les des a reparar a ver si eso lo arregla, sino revisa que no sea falta de espacio en donde tienes el temp dir, o cambia de disco el temp dir y configuralo en php me parece.
Fuera de eso la verdad no sabría ayudarte :S



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